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腸道病毒（傳染性肝炎、小兒麻痹病毒等）對氯消毒劑的耐受力較腸道致病菌強。據報道，如能保證游離余氯為0.5mg/L，接觸時間為30～50分鐘，亦可使腸道病毒死滅。因此，在懷疑水源可能受到腸道病毒污染時，可增加氯消毒劑量及接觸時間，以保證飲用水的安全。
集中式給水管網末梢水的游離余氯，還可作為預示有無再次污染的信號，因此，水質標準對管網末梢水的游離余氯也作了相應規定。
實驗證明，接觸作用30分鐘游離余氯在0.3mg/L以上時，對腸道致病菌（如傷寒、痢疾等），鉤端螺旋體、布氏桿菌等均有殺滅作用。如果用氯胺消毒，化合余氯含量一般為游離余氯的2倍以上，且接觸時間不應小于2小時。
